Con la muerte de D. Juan de Zúñiga, último maestre de la Orden de Alcántara, el partido de la Serena tomó su plena configuración al crearse la figura del gobernador de estos territorios, que cumpliría funciones políticas, administrativas, judiciales y militares; la otra autoridad, la religiosa, residía en la dignidad del prior de Magacela. Ambas instituciones, desde principios del siglo XVI hasta finales del XIX en que las órdenes Militares fueron extinguidas, establecieron su sede en la capital del partido, Villanueva de la Serena.